在過去的一個多世紀裏，作爲亞洲地區最大的兩個國家，中日關係起伏動盪，大多數時間處於對立狀態。一八九四年的中日甲午戰爭，以及第二次世界大戰中，日軍全面侵華，都曾使中日兩國處於殊死敵對狀態。
可幸的是，第二次世界大戰，日本軍國主義被以美國爲主的同盟國擊敗，日本轉型爲一個民主國家，日本對外的侵略威脅大大減少。相反，依然處於獨裁體制下的中國，卻令包括日本在內的大多數週邊國家感到不安。因爲現代歷史表明，歷次世界大戰，或區域性的緊張，都是專制國家挑起。不論是德國法西斯主義、日本軍國主義，還是前蘇聯共產主義的侵略擴張，概莫例外。周邊國家有理由懷疑，獨裁下的共產黨中國，可能成爲繼日本軍國主義之後的又一禍患。而中國先後對朝鮮、印尼、越南、柬埔寨等國的強力介入，更加強了這一懷疑的依據。
民主與專制的對立，是冷戰的意識形態基礎。隨着蘇聯的解體，東歐的解放，即這一大批共產黨國家的民主化，冷戰宣佈結束。而仍然處於共產黨獨裁統治下的中國，便成爲和平民主時代最大的潛在敵或假想敵。中日兩國在日元貸款上的紛爭，以及其他一系列紛爭，都發生在這一大背景下。
向中國提供長期日元貸款，是1979年日本首相大平正芳訪華時對中方做出的善意承諾。屬於日本政府以低利息向發展中國家提供經濟發展資金的官方「經濟開發援助計劃」。日元貸款的償還期限一般爲30年，利息最初定爲3%，後來下降到2%以下。
1979年到1984年間，日本政府通過海外經濟合作基金，對中國提供了第一批日元貸款，總額達3300億日元，主要用於中國海港、鐵路以及水力發電站等興建項目。之後，日方又分別於1984-1989年間，1990-1995年間，1996-2000年間，陸續向中國提供了第二批、第三批、以及第四批日元貸款，截至去年三月，對華日元貸款總額已達2萬5000億日元。
一九八九「六四」大屠殺事件發生後，西方國家以停止經援，來制裁中國當局。日本方面也被迫中止對華日元貸款，但不久，日本卻率先打破制裁格局，繼續向中方提供日元貸款。日本政府持續向中國提供長期低息日元貸款，用意是明確的：鼓勵中國的改革開放，促進中日友好，進而保障日本的國家安全和長遠經濟利益。
平心而論，日元貸款，對中國新時期的經濟起飛，起到了重要作用。然而，中國當局對日元貸款一事，對內，即對中國人民，長期隱瞞，幾乎不予報道。這令日本方面非常不滿。中方有意淡化日元貸款，大致出於兩方面的考慮，其一，不願意造成中國依賴日元貸款的印象；其二，不想讓老百姓知道，中共當局同中國昔日的敵人日本「打得火熱」。
中國當局仰賴日元貸款，在有關兩國關係的其他一系列問題上，便不得不對日方表現出遷就、妥協。最明顯的表現，是在釣魚島主權爭執上的退讓。但由於根本利益的衝突，中日間的紛爭卻從未停息。諸如，中方反對日本與美國聯手，建立「戰區導彈防禦系統」；不滿日本擴充軍力。日方則不滿中國當局對臺灣採取的武力威脅政策；反對世界銀行貸款給被懷疑對藏族人民構成利益侵犯的青藏地區人口遷徙項目。等等。
進一步的分析表明，新一輪日元貸款紛爭，還不像往常那般單純。隨着中國經濟的崛起，中日利益衝突的升級，以及日本內部保守勢力的抬頭，日本國內反對給予中國長期低息貸款的呼聲日高。日方展延新一批日元貸款，極可能預示着日本對華政策的重大轉向。