雖然有關李少民先生的去留前途爭論將告一段落，但這次事件的影響肯定會持續一段長時間，因爲李少民事件已爲「一國兩制」政策豎立了一個極重要的案例，說明即使出現涉及國家利益如間諜之類的案件，香港的執法當局、法院也可以自行處理，不需受內地法院的判例、控罪所約束。
香港與內地的兩制絕不只是行政區域的分界、也不僅是社會制度的分界、更是兩個有獨立司法管轄權的區域。只要涉及的案件不關乎國防及外交，香港的執法當局及法院將有絕對的管轄權，不需受中央政府或內地其他機構掣肘，這將大大強化香港實行高度自治的框架，也將增強市民以至國際社會對一國兩制政策的信心。
有的意見認爲，李少民獲准回港只是中美政治交易的一部分，因此只能是一個個別的例子，在未來遇上類似的情況時，特區政府的處理便可能有所不同。我們不同意這樣的觀點。儘管李少民事件爲香港帶來正面的影響，但事件對中國的影響則非常負面。一方面因案件完全是黑箱作業，外界對詳情一無所知，加上中國政府對判爲「間諜」的「犯人」寬鬆處理，只會讓人感到這是另一次莫須有的拘捕及審判，這將進一步削弱中國法院及法律制度的公信力。