據中國青年報26日報導，國家大劇院正面臨比硬件更棘手的問題。全國政協常委，中國文聯副主席、國家大劇院藝術委員會主任的吳祖強，在去年兩會上提交的提案， 爲國家大劇院亟需解決的一系列問題呼籲，得到了很多政協委員的聯合簽名。但國家大劇院一整套運作機構的建立，目前尚未排上日程表。他說，「我認爲，國家大劇院要 和國際演出界接軌，軟件和硬件的建設必須同步，甚至從某種意義上說，可能軟件建設的重要性和難度都要高於硬件建設。」
「其實，我們也非常著急！」吳祖強說。國家大劇院一旦啓用，就得有人管，如此龐大的專業場所，方方面面都需要有序的操作，「但是，眼下真有點來不及了」。
* 國家大劇院面臨三大困擾
報導透露，國家大劇院藝術委員會辦公室主任、國家大劇院演出經營部部長周志強，在接受中國青年報記者採訪時坦陳了他們眼下的三大困擾：
1， 國家大劇院誰來主管？ 由文化部，還是北京市政府，還是其他部門單位主管？不清楚！因此，一系列運作不能經由正常程序準備。譬如，演出立不了項。
2， 國家大劇院門爲誰開？ 國家大劇院究竟是企業還是事業單位？進入大劇院演出的，算公益演出還是商業演出？都不確定。另外鉅額的運作成本，很難實現面向廣大文化消費者。
3， 誰能到國家大劇院演出？周志強透露，他自己曾經提出兩個「非一流」原則，即：非國際一流團體不能進入大劇院演出，非一流國內團體不能參加大劇院演出。「但誰來認證、界定這個所謂的『一流』？」
按照計劃，今年底，國家大劇院將完成建築安裝工程。2005年1月，轉入設備調試和試驗性演出階段。2005年9月，第一個演出季開始啓動。
77歲的吳祖強表示，「今年，我和一些志同道合的兩會代表，還是要將有關國家大劇院的軟件建設問題力爭到底」。
國家大劇院被中國媒體稱爲中國文化史上的一個里程碑，但是在即將落成之際卻還沒有確定一整套運作機制，使耗資超過26億元的巨大工程可能面臨「空城計」的尷尬，難怪有網友指責這是一種巨大的浪費。
劇院評委會副主席加拿大建築大師艾瑞克遜在談到這個方案時用了」shroud」（屍衣）這個詞，意指它太像墳墓。
* 備受爭議的國家大劇院
法國建築師安德魯對國家大劇院的「蛋形」設計方案曾招致衆多的反對聲浪，大劇院評委香港建築師潘祖堯說，「大笨蛋」對中國民族傳統和地方特色大唱反調，對天安門地區只有破壞，沒有建設。大劇院評委會副主席加拿大建築大師艾瑞克遜在談到這個方案時用了」shroud」（屍衣）這個詞，意指它太像墳墓。2000年6月，多名中國科學院、中國工程院「兩院」院士牽頭、近百專家學者聯署上書中央有關部門質疑該工程。
爲什麼招致衆多知識分子反對的 「蛋形」設計能從衆多的優秀設計方案中『脫穎而出呢』？呂加平在《向中央領導反映一些有關江澤民的事情和傳聞》中說：「現在社會上廣泛傳說，在人民大會堂西側花費三十多億人民幣修建的像墳包一樣的國家大劇院，是江澤民爲宋祖英演出修建的。」
他還說，「據報導，朱佩在擔任法國總理期間曾違反和破壞中法關係，私下向臺灣當局出售攻擊型潛艇，賺取巨資，後來此事被臺灣軍方 的人泄露而發生殺人滅口事件，引起輿論大譁。據說法國政府爲平息事態和緩和中法關係，在給臺當局十數億美元資金回扣以掩口外，也給了中國方面數億美元的回 扣以圖擺平免斥。中國方面對此事應向法國提出抗議，即使收受此鉅款，也應用於海軍建設。可是當時擔任中國黨政軍一把手的江澤民既沒有抗議，而且在收了此巨 款後也沒有用於海軍建設，而是把它爲宋祖英演出蓋了國家大劇院。並且不顧國內權威建築設計專家和清華大學等著名院校和設計部門的強烈反對，排斥一切國內優 秀設計方案，一定要採用並未通過評審的法國人的墳式設計，以討好法國人，並讓此錢還由法國人賺去。」
江澤民爲宋祖英在澳大利亞和奧地利演出使其揚名世界，不惜動用數千萬人民幣海軍軍費。