第39軍的前身是東北野戰軍第2縱隊。該縱隊是由中國工農紅軍第15軍團部分部隊發展而來的，該軍團由兩部分組成：一是紅軍長征最先到達陝北的紅25軍；另外一部分是陝北蘇區的紅26軍。第39集團軍現屬瀋陽軍區，軍部駐遼寧省營口市。
朝鮮戰爭爆發後，第39軍隨13兵團首批入朝參戰。在第一次戰役中，與美軍「開國元勳師」騎一師在雲山鎮交手，美軍騎一師是美軍中戰鬥歷史最爲悠久的部隊，是當年華盛頓創建美國的開國師，歷史上從無敗績。39軍116師師長汪洋率部重創其第八團，還將增援的第五團擊潰。至今第39集團軍在野戰部隊中地位顯赫。
1937年8月25日，紅15軍團在陝北三原縣橋底鎮改編爲國民革命軍第八軍第 115師第334旅，旅長徐海東，副旅長黃克誠。
1940年2月，改編爲八路軍第2縱隊，司令員左權（後爲楊得志），政治委員黃克誠。
6月底，第2縱隊一部與新四軍第6支隊在淮北地區會師，整編爲八路軍第4縱隊，司令員彭雪楓，政治委員黃克誠，
1945年10月，新四軍第3師奉命挺進東北。11月底到達錦州地區，歸東北人民自治軍建制。1946年1月改稱東北民主聯軍第3師，轄第7、第8、第10旅、獨立旅及師直三個特務團，共3.7萬餘人，師長兼政治委員黃克誠。
1946年8月，以師機關一部成立西滿軍區，司令員黃克誠，政治委員李富春。
9月，師主力改編爲東北民主聯軍第2縱隊，劉震任司令員，吳法憲任政治委員兼政治部主任，吳信泉任副司令員兼參謀長。
1948年1月東北民主聯軍改稱東北人民解放軍，第2縱隊番號未變。8月，東北軍區前方第2指揮所改稱東北野戰軍第2兵團部，第2縱隊隸屬第2兵團建制。
1948年11月1日，第2縱隊改稱中國人民解放軍步兵第39軍，劉震任軍長，吳法憲任政治委員，譚友林、孫子仁任副軍長，王良太任參謀長，李雪三任政治部主任。原轄第4師改稱第115師，胡繼成任師長，李世安任政治委員；第5師改稱第117師，張竭誠任師長，李少元任政治委員；東北人民解放軍獨立第7師調歸該軍建制，改稱第152師，羅華生任師長，邱子明任政治委員。
1949年4月，由東北軍區整訓司令部組建第14兵團，第39軍隸屬第14兵團建制。4月底，第39軍由河北武清地區出發，向華中南進軍。7月初，進至湖北宜昌、沙市、江陵地區，渡過長江，改歸第13兵團建制。後進軍湘西，參加了衡寶戰役，然後直下柳州，解放南寧，於12月11日解放鎮南（友誼）關。同時，第152師改爲南寧軍分區，脫離第39軍建制。
1950年1月2日，第39軍奉命北上，7月4日，開赴東北，到遼陽、海城地區駐防。
1950年6月25日，朝鮮內戰爆發。10月，第39軍改編爲中國人民志願軍第39軍，軍長吳信泉，政治委員徐斌洲。
1952年12月18日，移防西海岸，參加西海岸抗登陸備戰。1953年5月回國。
自朝鮮回國後，第39軍長期駐守遼東半島，是我軍佈防在東北首屈一指的主力軍團，擔負警戒蘇聯、朝鮮半島軍事態勢的戰略力量。
1985年，第39軍改編爲集團軍，是全軍重裝的三個快速反應集團軍（另兩個爲38軍和54軍）之一，屬於全軍的戰略預備部隊。
第39集團軍屬滿編軍，武器配備優良，下轄四個師，即115摩步師，116機械化師，117武警和第三坦克師，以及裝備「小羚羊」的陸軍航空兵大隊、特種兵大隊、防空旅、工兵團、防化團等技術兵種，全軍現有7萬5千人。
第39集團軍現屬瀋陽軍區，軍部駐遼寧省營口市。