据报导，郭飞熊星期三(8日)下午四点到达新华门。北京异见人士齐志勇约四点半赶到新华门支援郭飞熊时，郭已不在现场。不过，现场警察无意中证实了郭飞熊被抓的消息。
齐志勇说，“找到那儿，看到那儿有两辆车在那儿，我一走上去，可能晚了一步，车上已经塞满人了，警察就强行把门给关上了，那个时候大概四点半左右吧。那警察说 ‘你找那个郭什么熊的么？已经来了6个人了，你找不着他啦！’喔！这一下我就等于把事情了解了一下。那警察说‘你想见他干嘛？’我说‘我没说想见’。他说 ‘你怎没说呀！你走不了了！你是重点人，我告诉你！’拿着我的证件和身分证就开始往上报。在这时候陆续的有来往的上访的，只要是3个、5个的过来的，全给扣住，全给往车上抓。到后来他们把我押回到我家里。”
被抓后，郭飞熊间断地与外界通电话，表示自己被带到了府右街派出所。但六点后电话就无法再接通。
对于被抓，郭飞熊早有预料，他在星期三中午发给记者的电邮里写道：“我正前往中央政府所在地新华门，请在北京时间今日下午3点半之前，不要发表或引用下述文件内容。过了此一时间，大家不妨引用，不必与我本人联系上。因为我估计到时候我已失去自由。”
邮件还附有他给中共政权领导人胡锦涛和温家宝的和平请愿书，里面就政府在几件事件中采取的做法提出抗议，包括汕尾枪杀事件，官黑一家打压太石村村民罢选，广州大学城强行征地事件，暴力伤害维权者，以及关闭《冰点》周刊和《燕南网》。请愿书还要求中共领导人及早启动政治改革，放开新闻自由和基层选举。
郭飞熊对胡温写道，如果两位“认为我的请愿和绝食行为违背了相关法律，我愿意承担被拘留、被判刑的处罚。”但我事先声明，促使我采取这一直接的微型抗争的责任在于中央政权本身。不管我遭受到怎样的处罚，我都提请两位和中共各级政权“正视我的上述抗议和要求中所包含的普遍民意和内在价值。”
报导分析，在向外表示将要前往新华门之前，郭飞熊曾失踪三天，估计他是为了能够成功摆脱跟踪，前往北京。