据北京媒体报导，在8月29号至9月4号一周的开学高峰期间，北京市新增甲型流感确诊病例95例。然而，北京大学的一个确诊病例并没有通报。
9月9号，北京大学后勤管理部门的人士接受新唐人特约记者采访表示，该校已确诊一名女学生患甲型流感，目前已经隔离一个星期，校方没有封锁校区。
他说：「有一个，有一个已经隔离了，目前咱们学校情况还挺好的，没有发现第二例，已经隔离一个礼拜了，她开学来了就隔离了。」
而北京大学校长办公室一名官员否认该校已有确诊病例，她说：「正常老师都发烧感冒，春秋换季，北京现在温差很大，甲型H1N1流感，我们全校现在每个人都发了体温计，体温有异常的话，我们直接送到校医院，有专门的楼隔离。哪里有得的？」
另二位居住在北京大学校内的人士证实说，北大确有一个学生确诊患了甲型流感，学校每天给学生量体温。
北大医学院的工作人员表示，现在卫生部等上级部门每天都会下发新的文件和工作安排，并组织医生学习。目前来就诊的部分同学生存在一定的恐慌心理。
北京大学金像药店的工作人员介绍，8月底甲型流感疫情爆发以来，药店的口罩和感冒常备药一天内被抢购一空，之后销量显著上升，有的断货。目前市场上货源紧张，没有办法补充货源。
北京晚报报导说，8月28号下午5点，清华大学东主楼门前停着2辆急救车，车旁站着数名身着白色隔离服的医护人员。该校计算机系一名大一新生被发现患有甲型流感，被送往医院隔离。
据了解，这名新生来自上海。当晚6点，与该学生密切接触的20多名新生和辅导员老师，被带往隔离地点进行为期7天的隔离观察。2009级新生宿舍为紫荆公寓2号楼，已进行全面消毒。
9月9号，清华大学校医院一位人士表示，那名确诊学生已被送到外面的医院隔离。她说：「他一到我们校医院首先得筛查，一筛查发热就马上进行鉴别诊断了，这一发热马上就查出来了，就得隔离了，上外头去了，不在学校里头。」
一名校方工作人员透露，确诊一名新生患有甲型流感后，学校甲型H1N1流感防控领导小组召开紧急会议，严格提高防控级别，避免学校出现大面积的爆发，尤其防止甲型流感波及参加十一游行等活动的师生。
北京大学和清华大学的党委办公室和行政办公室官员，接到新唐人特约记者电话时非常谨慎，表示如果是从外国打来的电话，他们甚么也不能说。