1901年12月23日，林巧稚出生在福建省思明縣鼓浪嶼的一個教員家庭。5歲時，母親去世。1914年，她加入基督教會，成爲了一名虔誠的基督徒。1921年，畢業於廈門女子師範學校，之後考入北京協和醫學堂。八年後，林巧稚畢業並獲得醫學博士學位，被聘爲協和醫院婦產科大夫，成爲該院第一位畢業留院的中國女醫生。
1939年，林巧稚前往美國芝加哥醫學院進修；1940年，她被美國方面聘請爲「自然科學榮譽委員會委員」，同年回國，成爲協和醫院第一位中國籍女主任。後協和醫院因太平洋戰爭關門，林巧稚就開辦了私人診所。1948年，協和醫院重新開門，她返回工作直至去世。
對於這樣一位醫學界頗爲出名的人物，中共自然千方百計拉攏。1949年中共奪取政權後，定於10月1日在天安門召開政府成立大會，有關部門遂於九月中旬向林巧稚發出金字請帖，邀請其登天安門觀禮。在常人看來，這是一個難得的、無上榮耀的機會，但是信奉基督的林巧稚卻找來協和中共支部書記說道：「天安門開大會和婦產科有什麼牽連，我謝絕參加！」
1950年，中共在全國掀開了「土地改革」運動，衛生部通知林巧稚去四川參加土改，她又找來支部書記說道：「我作爲一個信仰《聖經》敬畏上帝的基督徒，自我大學畢業的那一天起，我就立定心志，終生不參加任何與醫學婦產科學無關係的組織或活動。鄉村土改和婦產科有什麼關係？我拒絕參加！」
五十年代初的一天，一輛轎車來協和接林巧治去中南海見周恩來。見面寒暄幾句之後，毛澤東突然出現了，也說了兩句客氣話。周恩來直言說道：「共產黨建設『新中國』需要各方面的人才來領導，如果林教授願意參加共產黨，我和毛主席願意當你的介紹人，這個問題可能很突然，林教授可以回去考慮幾天再答覆。」林巧稚當即站起來微笑着表示感謝，「但我不能不直言相告，不用回去考慮幾天現在就做出正式的答覆吧！我是一個信仰《聖經》敬畏上帝的基督徒，共產黨是無神論者的政黨，我是絕對不能參加的。……我青年時期就在上帝面前立志除了醫學有關團體以外，任何政治團體或組織絕對不參加。」聽了林巧稚的回答，毛和周都沒有再說什麼，派車將她送回了協和。
在以後歷次中共發生的運動中，林巧稚雖沒有遭受大的磨難，但日子也並不安生，她被迫參加各種各樣的活動。然而，她那顆與人爲善之心卻從沒有變過，當文革期間，多數協和教授都停發工資被關進牛棚勞動改造時，她常常把自己的工資分成許多份兒，悄悄送到各家去。
1981年，在80歲生日前夕，林巧稚接受了《中國青年報》記者的採訪。她告訴記者：「我是一名醫生，經歷了太多的生死。我不怕死，《聖經》上說：『我必往他那裏（耶穌那裏）去』。」
1983年4月22日，林巧稚醫生走完了她的一生。也許，此時不必直麵人生悲苦的她，正滿懷着喜悅沐浴在神的普照中。