此次頒獎，除授出「最高」獎之外，還有其他獎項，共2612人獲獎。有關報道稱，頒發數目空前的鉅額獎金，是展示當局「科教興國」的決心和對傑出科技創新人才的重視。
設立中國國家最高科學技術獎，顯然是效法國際上的諾貝爾獎，500萬元的獎金數目，也相當於八十年代的諾貝爾獎金數目。在科技領域裏，中國大陸的學者至今與諾貝爾獎無緣。設立國家最高科學技術獎，或許有助於提高中國學者的自信心。
然而，中國設立和頒發這一大獎，卻存有一系列疑問。諸如，評委如何組成？評選過程怎樣進行？評選結果如何揭曉？這三道重要的工序，都不透明，更未公開，在外界完全不知情的狀況下，突然公佈和頒發，使人們有理由懷疑，大獎的評選是否公道？在人才輩出、精英薈萃的科技界，能否服衆？
另外，評選中有否摻雜政治標準？如「四個堅持」、「三講」之類，根據中國當今的風氣，這是極可能的。比如，很顯然的，反對三峽工程的專家，勢必與該獎無緣。同情或練習法輪功的學者，勢必也與該獎隔絕。而肯定地，一旦摻入政治標準，這一所謂「最高」獎便大失光環。
中國知識分子受政治的擺佈由來以久。五十年代末，便有錢XX等人親自出面，證明「大躍進」的正確性，證明農田單位畝產「可以無限提高」。與錢XX同時代的大多數知識分子則受到無情迫害。
到了鄧小平時代，雖提出「尊重知識，尊重人才」，但規定知識分子的從屬地位，卻在這八個字中暴露無遺。江澤民時代高唱「科教興國」，卻只是把科技、教育，當做工具，爲「保持社會穩定」服務，即爲執政者的利益服務。持不同政見的學者，仍然遭到排斥，甚至監禁。
這次頒發的首屆「國家最高科學技術獎」，每位得主雖然名義上獲得500萬元人民幣，但卻被規定：其中，50萬元用於獲獎者「改善生活」，450萬元作爲獲獎者自選科研項目的經費。這一規定，實在令人啼笑皆非。因爲從國際上的慣例來看，任何獎項，都是毫無保留地頒發給獲獎人。獲獎人如何支配獎金，完全是他們自己的事。大多數獲獎人，通常會將所獲獎金，投入新的科研項目；或者用於設立一個有益於相關事業發展或公衆利益的基金會；或者把獎金徑直捐獻給某些同類性質的基金會；甚至直接捐獻給慈善機構。
對「國家最高科學技術獎」獎金使用的規定，反映出中國有關決策者，至今仍然受計劃經濟思維模式的束縛；這種「留一手」的做法，也反映出他們對獲獎人的不放心和不信任；同時也使獲獎人失去了獲獎後可能再次奉獻社會的表現機會。
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