這次最引起關注的是兩岸三通問題，因爲陳水扁總統提出可以委託民間的代表來協商。總統開了個門縫，王永慶立即說「不要只說不做」，把手掌伸進去不讓這個門關上。於是北京再加把力，由國臺辦主任陳雲林親自出馬，在五月二十一日發表講話，要臺灣政府委派主張三通最力的工商界頭面人物王永慶和高清愿等同北京談三通，那是北京在後面用力推，要把王、高二人塞進門裏面了。北京這種異乎尋常的突兀動作反而引起臺灣的疑慮：

首先，到底是臺灣委託民間同中國談，還是中國委託臺灣民間同自己談。任何兩個國家的談判，都由自己一方派出最能代表自己利益的代表團去同對方談；如果是由對方來指定談判代表，那是表明：第一，主權是在對方而不在自己一方；第二，這個談判代表不會代表自己一方的利益而只能代表對方的利益。即使在兵臨城下的情況下，也不一定會出現這種情況。

其次，海基會本來就是臺灣官方全權委託，並且得到中共認同而作爲同大陸協商事務性問題的機構，對這樣有公權力的機構，中共單方面否認它的地位和功能而要另其爐竈明顯是在製造障礙，否則兩岸可以更快協商三通。

同中共官員以往某些重要宣示一樣，宣佈了以後，需由「權威人士」通過香港<文匯報>來澄清或重新解釋。五月二十二日，果然「權威人士」找了香港<文匯報>，對陳雲林的講話作進一步說明：第一，陳雲林沒有點名王永慶和高清愿作談判代表，臺灣方面的說法是誤導民衆；第二，中共方面並沒有要求代表要對「九二共識」表態；第三，三通是一個國家內部事務。

說臺灣政府誤導民衆是中共倒打一耙，因爲臺灣朝野都是這樣理解的。這點連有的泛藍軍立委也認爲不能接受。至於第二點似乎表明了一點善意，但是第三點就立刻否定第二點了，因爲要認同一箇中國，不就是中共版本的「九二共識」嗎？接下來中共對臺智庫，社科院臺灣研究所副所長餘克禮就明確說，未來代表臺灣民間出面談判的代表，是有前提條件的，就是他們必須認同兩岸是一個國家，認同兩岸「三通」是一個國家內部事務，才能代表臺灣來談；如果他們是搞臺獨的，大陸不可能接受這樣的臺灣代表。臺灣提出的代表名單要由中共審批，不就是由中共來指定談判代表嗎？

三通有利於兩岸的經濟交流，但並不是解決臺灣經濟問題的靈丹妙藥，香港同大陸已經五通八通，現在經濟狀況比臺灣還差，失業率7.1%說明了這一點。更重要的是，中共對臺灣的武力威脅迫使臺灣需要安全方面的許多考量；而中共借三通來否定和矮化臺灣主權，也令臺灣步步爲營，避免墮入政治陷阱；中共「政策」的令出多門，反覆無常，也需要臺灣較長時間的觀察。這些才是三通至今未通的真正徵結，責任在中國那一方。