继2003年揭露萨斯真相之后，2004年2月蒋彦永医生又上书中央，要求平反六四，这让当局大为不满。六四大屠杀15周年之际，他和妻子华仲尉一起被当局羁押。七月份，美国国家安全顾问莱斯访问北京时曾过问此事，后来他被释放回家，但依然处于软禁状态。八月份在马尼拉举行的麦格赛赛奖颁奖大会上，蒋医生的女儿蒋瑞替父亲领到了奖章、证书和5万美元的奖金，这些东西现在都保存在蒋瑞在加州的家中。

“这些东西应该放在父亲的家中。”蒋瑞说：“我希望等他获得自由时，亲手交给他，可是我说不清何时他才会有真正的自由。”

蒋瑞说，她父亲处于所谓双规之中，也就是要在规定时间，规定地点向中共当局交待问题。官方说要在一定的时间给他的问题“下结论”。不过对蒋瑞来说，奖章上镌刻的字已经给了爸爸最好的结论：“为了真理挺身而出，揭露中国萨斯真相。”

蒋瑞说，有关方面曾经告诉她十月一日之前会对她父亲的问题有一个“结论”，但是“不管他受到什么惩罚，我最担心的是他的人身自由。”

蒋瑞说，父母一直处于严格的监视之下。父亲要想走出院子必须先向有关人员提交书面请求，家里的电话被窃听，挂号信件不再由邮局递送，而是由专人检查后送来。

“我越来越失望，父亲的处境至今没有任何改观。”蒋瑞说。

消息灵通人士说，当局可能会援引党纪或者军纪，而不是法律来惩罚蒋医生。“有人要惩罚他，也有人要保护他，双方妥协的结果可能是蒋医生会受到严重警告处分。”消息来源说：“他的处分不会太重。一个重要原因是北京政府要给莱斯留点面子，因为莱斯曾经对蒋医生的处境表示过关注。”